김일성종합대학에는 약 20개의 부설연구소가 있는 것으로 알려져 있다. 다음은 비교적 많이 알려져 있는 연구소들이다. 역사학연구소 철학연구소 어문학연구소 생물학연구소 지질학연구소 경제학연구소 법학연구소 물리학연구소 화학연구소 동위원소연구소 주체사상연구소 전자계산기연구소 계산연구소 전자물리연구소 원자에네르기연구소 세포공학 및 분자생물 연구소 촉매연구소
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