당간부들을 재교육시키고 당일군을 양성하는 당중앙위원회 직속 교육기관이다. 해방직후 각 도에 파견할 당간부의 부족함을 해결하기 위해 김일성 주석의 지시에 따라 당창건과 함께 학교의 설립이 계획되었다.
김일성고급당학교는 1945년 11월 진남포 동쪽의 도학리(남포특급시 항구구역 우산동)에서 평양학원으로 출발했다. 평양학원은 교관요원과 군정치요원 및 러시아어 통역요원 양성목적으로 창설됐으며 성격상 정치군사간부학교였다.
정치반과 군사반으로 구분되어 각각 100명 내외의 학생들이 3~4개월의 단기교육과정을 이수했다. 이 학원은 러시아어중대, 여성중대, 항공중대, 통신중대와 대남반, 문화부 등으로 편성되어 있었다.
1946년 6월 1일 평양 사동으로 이전하면서 정치반과 군사반으로 분리됐다. 군사반은 평남 강동군(현 평양시 강동군) 월안면 대안리로 옮겨 '중앙보안간부학교'로 개교했는데 이것이 정규군의 모체이다.
정치반은 북조선공산당 중앙당학교로 정식 개교했고 이것이 현재 김일성고급당학교이다. 당시에는 2·3·6개월의 단기과정이었으나 1948년 1∼2년제로 학제가 바뀌었다. 1955년부터 3년제 기본반과 4년제 통신학부로 확대되어 기본틀이 정착됐다.
1972년 4월 15일 김주석의 60회 생일을 맞아 현재의 이름으로 개명되었다. 1973년 맑스-레닌주의학원이 흡수돼 이를 토대로 3년제 연구원학제가 신설됐다. 현직 당일꾼을 위한 6개월 재직반, 한달 강습반과 같은 단기과정도 운영되고 있다.
1978년부터 학교안에 당간부양성기관지도국을 설치하여 전국 당간부 양성의 중추적 역할을 하고 있다. 김 주석과 김정일 국방위원장은 고급당학교의 역할을 매우 중시하여 각각 27차례, 2차례의 현지지도를 하였다.
교육내용은 당간부 재교육이라는 특성을 고려하여 주체사상, 유일사상체계와 당정책을 기본으로 이론과 실습을 병행하는 것으로 되어 있다. 입교생들은 지방 당조직에 대한 견학 및 실습을 거쳐야 졸업할 수 있다. 이 학교는 1972년과 1996년 두 차례에 걸쳐 김일성훈장을 받았다.