국방부는 16일 서해 공무원 이대준씨 피격 사건과 관련한 보도자료에서 “2020년 9월 27일 청와대 국가안보실로부터 사건 관련 주요 쟁점 답변 지침을 받아 ‘시신 소각이 추정되며, 정확한 사실 확인을 위해 공동 조사가 필요하다’고 함으로써 최초 발표에서 변경된 입장을 언론에 설명했다”고 밝혔다. 군이 사건 발생 이틀 뒤인 2020년 9월 24일 “북이 총격을 가하고 시신을 불태우는 만행을 저질렀다”고 했다가 사흘 만에 “시신 소각이 추정된다”고 입장을 바꾼 것은 당시 청와대 지침 때문이었다는 점을 실토한 것이다.
윤형진 국방부 정책기획과장은 이날 브리핑에서 “실종 공무원의 자진 월북을 입증할 수 없고, 북한군이 우리 국민을 총격으로 살해하고 시신을 불태운 정황이 있었다는 것을 명확하게 말씀드린다”고 말했다. 당시 유족들은 문재인 정부가 ‘한반도 종전 선언’을 추진하는 점을 들어 “북한 눈치를 보다 서둘러 월북으로 단정했다”고 주장했었다.
사건 발생 초기 세 차례나 기자회견을 열고 3억원이 넘는 도박 빚 등이 근거라며 “현실 도피 목적으로 월북했다”고 했던 해양경찰청도 이날 “1년 9개월에 걸쳐 수사를 진행했지만 이씨가 북한 해역까지 이동한 경위와 월북 의도를 발견하지 못했다”고 했다. 박상춘 인천해양경찰서장은 “섣불리 월북으로 추정한 것에 대해 유감스럽게 생각한다”고 밝혔다.
국가안보실과 해경은 이날 유족이 제기해 서울고등법원에서 2심이 진행 중인 정보공개청구소송에 대한 항소도 취하했다. 대통령실 관계자는 “과거 정부는 섣불리 월북 시도를 추단(推斷)했고 유족의 진상 규명 요구에 국가가 제대로 응하지 않았다”고 했다. 이번 서해 공무원 사건 진상 규명이 계기를 마련했지만, 당시 청와대가 보고받은 내용 등 핵심 자료가 대통령기록물로 봉인돼 있어 단기간에 실체 규명이 이뤄지기는 어려울 것이란 전망도 나온다.